矮丛蓝莓根系的主要部分是根状茎。据估计，矮丛蓝莓大约85%的茎组织为根状茎。不定芽在根状茎上萌发，并形成枝条。根状茎一般为单轴形式，直径3～6mm。根状茎分枝频繁，在地表下6～25mm深的土层内形成紧密(穿插)的网状结构。新发生的根状茎一般为粉红色，而老根状茎为暗棕色并且木栓化。矮丛蓝莓的根系分布在上层中的质层。